이렇게 성공적으로 잘 운영되는 마을기업들도 있지만 많은 마을기업은 운영에 어려움 겪고 있다. 마을기업이 사업을 통해 자생력을 갖추고 마을의 공동의제를 찾는 것이 쉬운 일은 아니다. 가장 큰 애로사항은 역시 사업의 지속성과 수익창출이다. 이 문제가 해결되지 않으며 마을기업을 만들기 위해 처음 뜻을 함께 했던 마을 사람들도 시간이 가면서 점차 이탈하는 경향을 보이게 된다.
이런 문제를 해결하기 위해서는 역시나 마을기업에 참여하는 주민들의 기업 운영에 대한 기본적인 교육이 필수적이라 할 수 있다. 친목회나 마을회와 달리 마을기업은 시장경제의 치열한 경쟁 상황에 진입한다는 것을 인식하지 못하는 경우가 많다. 마을기업이 기업으로써의 활로를 찾지 못하면 존립의 근거가 사라진다는 상황을 직시하고 어떻게 하면 기업으로써 지속적으로 존립할 수 있으며 목적 사업을 통해 살아남을 수 있을까를 고민해야 한다. 마을기업의 가장 기본적인 덕목은 역시나 참여와 자립이다. 해외에서는 마을기업이 꼭 수익을 내는 사업을 하는 것만이 아닌 경우도 있다. 마을에서 해결해야 할 문제를 공동으로 고민하는 경우도 있고, 탄탄한 공동체를 만들기 위해 마을기업을 운영하는 경우도 있다.
그래서 굳이 말하자면 마을기업은 존립 자체가 성공일 수 있다. 사업을 통해 수익이 나지 않아도 마을기업에 참여하는 주민들이 자발적으로 처음 설립 목적에 맞게 기업을 끌고 나갈 수도 있다. 그래서 어찌 보면 일반 기업보다 더 많은 다양한 일들을 할 수 있는 것이 바로 마을기업이다. 각 지역의 특색과 처한 환경에 맞게 하고 싶은 일들과 할 일들을 찾아 마을 기업을 통해 지속적으로 사업을 전개한다면 수익이 많이 나고 유명한 마을기업만이 아니라 여러 지역에서 그 지역 주민들이 자발적으로 참여하는 지역적 마을기업이 많아 질 수 있다.
이런 지역의 마을 기업들이 많아지면 우리나라 전체적으로 각 지역의 특색에 맞는 다양한 사업을 전개하는 마을기업을 갖게 되기 때문에 행정력이 미치지 못하는 사업영역이나 일반 시장 경제 영역으로 풀 수 없는 지역의 여러 문제들을 해결할 수 있는 건전한 지역 공동체가 늘어나면서 국가 전체적으로 균형발전을 꾀할 수 있는 것이다.
